中国科学院兰州化学物理研究所分离分析学科组建于1958年。40多年来，在液相色谱、毛细管气相色谱、毛细管电泳、超临界流体色谱、质谱、气-质联用、液-质联用、核磁等研究领域做出了卓有成效的工作，在国内是该领域最早的、重要的、有影响的研究单位之一；在石油化工、油田分析、环境分析、植物化学等领域为国家经济建设作出了有显示度的贡献；曾获奖20余项，其中国家科技进步二等奖1项，中科院重大科技奖3项、科技进步奖一等奖2项、二等奖3项、三等奖1项，甘肃省科技进步一等奖2项、二等奖1项、三等奖3项，甘肃省自然科学二等奖1项；三分之一以上论文发表在SCI收录的刊物上。分离分析学科是国家批准设立的博士和硕士研究生培养点，毕业研究生100余名，在读研究生42名。从1984年以来，在西部药用植物化学方面作了大量卓有成效的研究工作，曾获得国家基金等多项国家、院部级项目的支持。

　  2001年兰州化学物理研究所进入中国科学院“知识创新工程”试点系列，根据中科院新时期办院方针和面向国家战略需求，将原分离分析和结构鉴定学科研究方向调整和凝练为西北天然药物的研究与发展。中国科学院兰州化学物理研究所分离分析学科与甘肃省定西市共同成立了“中药研究发展联合实验室”，与奇正藏药集团共同成立了联合实验室。

　  甘肃省天然药物重点实验室是在中国科学院兰州化学物理研究所分析化学和有机化学学科基础上，2002年7月经甘肃省人民政府批准成立了甘肃省天然药物重点实验室,是我国西部地区分离分析科学、天然药物化学，科学研究、技术发明、人才培养的重要基地之一。

　  在甘肃省天然药物重点实验室科学研究、平台建设、人才培养、团队组织和学科积淀的基础上，进一步切实加强实验室科研体系建设，优化学科结构，建设优秀团队，全面提升实验室科技创新能力和发展后劲，服务西部区域经济社会可持续发展，2009年12月经中国科学院批准，成立中国科学院西北特色植物资源化学重点实验室。